知识产权高等法院办理的案件，主要是请求撤销行政案件的第一审裁决诉讼，以及民事案件的上诉审等等。

不服专利局的裁决而请求撤销裁决的诉讼，专属东京高等法院办理（专利法第178条第1款等），作为东京高等法院的特别支部也就是知识产权高等法院负责审理（知识产权高等法院设置法第2条第2项）。

因为民事上诉案件（民事案件的上诉审）中，有关发明专利权，实用新型专利权，半导体集成电路的电路配置利用权以及有关计算机程序著作权的诉讼案件，专属东京高等法院办理(民事诉讼法第6条第3款)，由知识产权高等法院负责审理案件（知识产权高等法院设置法第2条第1项），所以全国的此类诉讼案件都集中在知识产权高等法院。
其次，关于民事诉讼案件中，侵犯外观设计专利权，商标权，著作权（计算机程序著作的著作权除外。）、出版权、著作邻接权、植物新品种权和不正当竞争法损害商业利益的民事诉讼案件，经由各地方法院处理第一审，然后，分布在全国的8个高等法院接受办理。其中，属于东京高等法院办理的案件均由知识产权高等法院负责审理（知识产权高等法院设置法第2条第1项）。

除了上述1和2以外,知识产权高等法院负责办理的案件，还包括东京高等法院所办理的民事案件以及行政案件中有关知识产权专业知识为主要论点的纠纷案件（知识产权高等法院设置法第2条第3项）。

关于1的请求撤销裁决诉讼以及关于2的民事上诉案件的审理以及审理级别,可以用以下的示意图来表示。