Das Obergericht für Geistiges Eigentum ist zuständig für Beschwerden gegen Entscheidungen des Patentamts der ersten Instanz und für Berufungen in Zivilsachen.

Für Beschwerden gegen eine Entscheidung des Patentamts ist allein das Oberlandesgerichts Tokio zuständig (Patentgesetz § 178 Abs. 1 usw.), wo sie vor dem Obergericht für Geistiges Eigentum als Fachsenat verhandelt werden (Gesetz zur Einrichtung des Obergerichts für Geistiges Eigentum §2 Nr. 2).

Das Oberlandesgericht Tokio hat die ausschließliche Zuständigkeit für Berufungen in Zivilsachen, die das Patentrecht, das Gebrauchsmusterrecht, das Nutzungsrecht für Topographien integrierter Schaltkreise von Halbleitern und das Urheberrecht für Computerprogramme betreffen (Zivilprozessordnung § 6 Nr. 3); sie werden vor dem Obergericht für Geistiges Eigentum verhandelt (Gesetz zur Einrichtung des Obergerichts für Geistiges Eigentum § 2 Nr. 1). Das Gericht bearbeitet alle in Japan eingelegten Berufungen dieser Art.
Berufungen, die das Geschmacksmusterrecht, das Warenzeichenrecht, das Urheberrecht (außer für Computerprogramme), das Verlagsrecht oder urheberrechtliche Nebenrechte, aus der Eintragung neuer Sorten entstehende Züchterrechte sowie Klagen im Zusammenhang mit entgangenem Gewinn aufgrund von unerlaubtem Wettbewerb betreffen, fallen unter die Zuständigkeit eines der acht Oberlandesgerichte, je nach dem, welches Gericht in der ersten Instanz zuständig gewesen war; Fälle, die dabei unter die Zuständigkeit des Oberlandesgerichts Tokio fallen, übernimmt das Obergericht für Geistiges Eigentum (Gesetz zur Einrichtung des Obergerichts für Geistiges Eigentum § 2 Nr. 1) als Fachsenat des Oberlandesgerichts Tokio.

Unter die Zuständigkeit des Obergerichts für Geistiges Eigentum fallen schließlich auch diejenigen unter die Zuständigkeit des Oberlandesgerichts Tokio fallenden Zivil- und Verwaltungssachen, bei deren Bearbeitungs jeweils ein besonderes Fachwissen zu geistigem Eigentumsrecht notwendig ist (Gesetz zur Einrichtung des Obergerichts für Geistiges Eigentum § 2 Nr. 3).

Es folgt eine bildliche Darstellung der Zuständigkeit und der Instanzen bei Beschwerden und Berufungen in Zivilsachen.