1.La Cour de la propriété intellectuelle comprend les chambres et un secrétariat qui traite des services générals.

2.Outre le Président, la Cour de la propriété intellectuelle comprend des juges, des enquêteurs(officiels judiciaires de la recherche) de la cour qui assistent des procédures relatives à la propriété intellectuelle, des greffiers et d'autres personnels de la cour.Des spécialistes, qui sont des employés non permanents, peuvent être appelés en fonction des cas à contribuer au traitement des affaires.

Les jugements de la Cour de la propriété intellectuelle sont prononcés par un collège de trois juges, et pour les affaires importantes qui demandent une décision de justice unifiée et rapide, par un collège de cinq juges (la chambre mixte).

Les enquêteurs attribués à la Cour de la propriété intellectuelle reçoivent des ordres des juges pour enquêter sur les questions techniques requises en rapport avec l'examen et le jugement des affaires concernant les brevets, modèles d'utilité, etc. De plus, depuis avril 2005, sur ordre du président de chaque chambre, ils peuvent questionner les parties en cause afin de clarifier les faits relatifs à l'action en justice à certains occasions de la procédure (article 92-8 du Code de la procédure civile).

Les greffiers de la cour assistent aux procès, inscrivent celles-ci dans des procès-verbaux, gèrent le déroulement des actions en justice, rédigent et conservent les dossiers des affaires, apportent leur assistance aux juges qui étudient les lois et règlements ainsi que la jurisprudence, et effectuent le travail à caractère judiciaire déterminé par la loi.

Il existe les autres personnels de la cour qui traitent du travail administratif à caractère judiciaire.

Les spécialistes contribuent au traitement du cas, sur décision de la cour, afin d'apporter des explications fondes sur leurs connaissances spécialisées lorsqu'il faut clarifier les faits importants ou assurer le bon droulement de procès (Article 92-2 du Code de procédure civile). Les spécialistes sont des employés non permanents nommés par la Cour suprême, et l'on trouve dans cette fonction des personnes qui détiennent des connaissances spécialisées de haut niveau dans des domaines technologiques spécifiques, comme des professeurs d'universités ou des chercheurs d'organismes publics, etc.

3.En tant que section spéciale de la Cour d'Appel de Tokyo, la Cour de la propriété intellectuelle est située au Niveau 17 du bâtiment commun des juridictions de Kasumigaseki.