知的財産高等裁判所が扱う事件には，行政事件の第一審としての審決取消訴訟，民事事件の控訴審などがあります。

特許庁が行った審決に対する不服申立てとしての審決取消訴訟は，東京高等裁判所の専属管轄であり（特許法178条1項等），その特別の支部である知的財産高等裁判所が取り扱います（知的財産高等裁判所設置法2条2号）。

　民事控訴事件（民事事件の控訴審）のうち，特許権，実用新案権，半導体集積回路の回路配置利用権及びプログラムの著作物についての著作者の権利に関する訴えの控訴事件は，東京高等裁判所の専属管轄に属し（民事訴訟法6条3項），知的財産高等裁判所で取り扱います（知的財産高等裁判所設置法2条1号）。そのため，これらの事件については，全国の事件が知的財産高等裁判所に集中されていることになります。
次に，民事控訴事件のうち，意匠権，商標権，著作者の権利（プログラムの著作物についての著作者の権利を除く。），出版権，著作隣接権，育成者権，不正競争による営業上の利益の侵害に係る訴えの控訴事件については，第一審を取り扱った各地方裁判所に対応して，全国8か所にある高等裁判所が管轄を有しますので，そのうち，東京高等裁判所の管轄に属する事件を知的財産高等裁判所が取り扱います（知的財産高等裁判所設置法2条1号）。

　1,2以外に知的財産高等裁判所が扱う事件としては，東京高等裁判所の管轄に属する民事事件及び行政事件のうち，主要な争点の審理につき知的財産に関する専門的な知見を要する事件（知的財産高等裁判所設置法2条3号）があります。

　1の審決取消訴訟及び2の民事控訴事件についての管轄及び審級を図示すると，次のとおりです。